「自動測謊機」那篇提到兩種不一樣的直覺：heuristic 和 intuition。但其實在英文裡還不止這兩個字，今天我們來談談 instinct。
Heuristic 和 intuition 都是和認知決策有關的，即使路徑不盡相同，但都是通過大腦的運作。然而 instinct 是一種生理性的的直覺反應，它比較像是一種動物本能，比如說雁群的結隊遷徙，或鮭魚可以找到路回到它們出生的溪流去產卵。還有，小鳥從沒被教過就知道怎麼飛，時候到了就知道怎麼築鳥巢；即使是第一次碰到沒見過的天敵，也本能地知道該立即逃跑。工蜂不用被教，時間到了自己就知道該如何蓋出結構精巧複雜的蜂窩；它們會以巧妙的舞蹈動作來彼此溝通，傳遞食物的信息；它們會自動把蜂窩裡死掉的蜜蜂屍體丟出去，不是因為嫌它們佔空間，而是本能地知道那些死蜂將會產生一種酸類的化學物質導致蜂窩的污染。在生物界，這種種的本能反應，不勝枚舉。
我們人類也是有生物本能的。孔子說的「食、色，性也」，其實就是所有生物共同的，最基本、原始的生物本能。除此之外，我們看到蛇或是比我們強大的動物會自然地警戒、害怕；碰到強光瞳孔會自然縮小，以保護眼睛不受損；剛生產完的母親對嬰兒的哭聲有異常敏銳的本能（以演化論的角度這樣才能更好的照顧幼弱的新生兒，增加存活率）。
Instinct 這種本能式的直覺是一種已經寫在身體基因裡面的程式，跟前兩種直覺一樣，都是藉由外界所輸入的資訊，進入腦部，做一個決定。但它和前兩者有幾個明顯不同的地方。
第一，instinct所輸入的資訊通常是純粹的感官知覺，比如說視覺、聽覺、嗅覺、觸覺；而 heuristics 和 intuition 並不限於此，輸入的資訊可以是感官的，抽象的，或複合的。
第二，instinct所輸出的也偏向是生理的或肢體的反應，通常會直接帶出一個動作或行為，類似一種衝動（impulse）。而 heuristics 和 intuition 所得到的是一種高階的結論或決定，它需要經過更多步驟的進行去產生影響性的行為，或甚至不用真的去執行，而只是產生一個知識或情緒。
第三，instinct 所走的路徑不用經過上層專司執行管控功能（executive functions）的大腦皮質，而是內層主宰原始生理驅動力的腦部深區。Heuristics 和 intuition 所憑藉的都是經驗與知識，需要一定程度的智力，但 instinct 不需要，它使用的是一個完全不一樣的系統。
我們可以用一個很簡單的結構來解釋這個系統的差異。在1950年左右，美國的Paul MacLean 醫生提出一個腦部的三體模型（ Triune Brain Model）：位於腦部最內層、最深區的是「遠古腦」（old brain），包覆其外側的是「中腦」（middle brain），以及位於最外層、靠近頭蓋骨的新腦（new brain）。這樣的區分概念來自演化論，這裡所謂的古與新，是指演化時間上的進程。遠古腦裡面所負責的都是與生存（survival）息息相關的，是最原始的驅動力及保護本能，它與肢體的連結程度也更直接、快速，爬蟲類就只具有這部份的腦部系統及功能，所以 old brain 也稱為爬蟲類的腦（reptilian brain）。稍微再更加進化一些，中腦的區域則掌管情緒及感覺，低階的哺乳類像是狗、貓、大象等有這部份，所以具有感情的展現與交流。至於新腦，又稱做「思考的腦」（thinking brain），使用大腦皮質（cortex）部份的區域，做更加複雜的認知判斷，發展出一定程度的智力及學習能力，這在較高等的哺乳類，像猿猴、靈長類可以看到。而人類之所以稱作萬物之靈，具有最高等的智力，區別就在這部份的大腦，尤其是在前額葉皮質（prefrontal cortex），發展更加高階及複雜。
雖然這個腦部的三體模型，後來在正式的學術研究上已被其他更加精確的結構模型所取代，但它的確能夠幫助我們很簡易快速地瞭解腦部的基本功能在位置上的劃分。heuristic 及 intuition 的運作是在上層的新腦部份去做運行，但instinct 的運作路徑則是在負責生存的遠古腦或情緒的中腦這些區域，並沒有用到更高階的思考及判斷，而這是 instinct 真正有別於前兩者的最重要差異。
順帶一提，另一個字，inspire，可能也會讓人把它與直覺搞混。這個字的中文是激發靈感，它指的是一種與當下情境無關的靈光乍現，好像突然打通了任督二脈，有了想法上的突破。它與本能相反，無關乎生理或生存，而是更接近靈性上的層次。
這些不同的字，在不同狀況底下都被稱為直覺，因為共同點都是一種想法的突然出現。
讓我們從它們的字源來幫助瞭解，可以得到以下的整理。
Heuristic 源於希臘文，意思是「發現」。所以這是一種藉由動腦的過程去快速發現的直覺。
Intuition 源於拉丁文，原意是「注視、觀察」。所以這是一種是來自深入觀察、吸收，而累積成潛意識知識的直覺。
Instinct 也是源於拉丁文，原意是「搧動、激起」。因此這是一種被激起的驅動力，屬於生理性及情緒性反應的直覺。
Inspire 可能是源於法文，原意是「呼吸、吹氣」。它其實不能稱之為直覺，因為它的運作缺乏我們本身的覺察，而是一種被動的接受，就像一陣風吹過，而瞬間被賦予了一個具有靈氣的禮物。
